在質子治療、重離子治療、滅菌、醫療器械和藥物生產中，均有真空技術的應用。如醫用加速器是生物醫學上一種用來對腫瘤進行放射治療的粒子加速器裝置，通過在真空環境下對帶電粒子加速到極高能量的粒子束，對腫瘤進行精準治療，目前有質子治療和重離子治療。輻照加速器則是利用真空環境下產生的高能電子束對醫療保健產品、藥品、生物制品、食品、農副產品和化工產品等進行消毒、滅菌、保鮮等。生物假體的3D打印需要真空電子束燒結技術，在低溫下進行的真空冷凍干燥技術能保持蛋白質、微生物的活性，醫藥行業中真空包裝、真空提純均用到了真空技術。